กองการประกอบโรคศิลปะ
1. ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการประกอบโรคศิลปะ กฎหมายว่าด้วยสถานพยาบาล และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
2. ส่งเสริม พัฒนา กำหนดมาตรฐานและจรรยาบรรณการประกอบโรคศิลปะ
3. ดำเนินการคุ้มครองผู้บริโภคด้านการรักษาพยาบาล
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือ ที่ได้รับมอบหมาย

กองแบบแผน
1. กำหนดและพัฒนามาตรฐานด้านอาคารสถานที่ของหน่วยบริการสุขภาพและสถาปัตยกรรมสาธารณสุข
2. ส่งเสริม สนับสนุน ดูและประเมินมาตรฐานด้านอาคารสถานที่ของสถานบริการ สุขภาพ และสถาปัตยกรรมสาธารณสุข
3. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย

กองวิศวกรรมการแพทย์
1. ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาระบบการจัดหา การมี การใช้ การบำรุงรักษาครุภัณฑ์ทางการแพทย์และการสาธารณสุข
2. ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาระบบการรับรองและดำเนินการสอบเทียบมาตรฐานของครุภัณฑ์ทางการแพทย์และการสาธารณสุขให้แก่หน่วยบริการสุขภาพ
3. กำหนดมาตรฐานและคุณลักษณะของครุภัณฑ์ทางการแพทย์และการสาธารณสุขรวมถึงครุภัณฑ์อื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
4. พัฒนาและจัดระบบวิศวกรรมการสื่อสารสำหรับระบบบริการสุขภาพของกรม
5. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสุนนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย

กองสนับสนุนสุขภาพภาคประชาชน
1. พัฒนารูปแบบและการดำเนินงานสาธารณสุขมูลฐานเพื่อพัฒนาสุขภาพภาคประชาชน
2. พัฒนาศักยภาพ ส่งเสริม และสนับสนุนการมีส่วนร่วมขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น องค์กรชุมชน อาสาสมัครสาธารณสุข องค์กรภาคเอกชน และประชาชนในการ จัดกิจกรรมส่งเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค และการดูแลสุขภาพด้วยตนเอง
3. ส่งเสริมและพัฒนาอาสาสมัคร องค์กรภาคเอกชนในการพิทักษ์สิทธิของประชาชนด้านสุขภาพเพื่อมีส่วนร่วมในการพัฒนาสังคม
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย

กองสุขศึกษา
1. ส่งเสริม และสนับสนุนการดำเนินงานสุขศึกษาในระบบบริการสุขภาพแก่หน่วยงาน ที่เกี่ยวข้องทั้งภาครัฐและภาคเอกชน
2. เสนอกลยุทธ์และพัฒนาสื่อเกี่ยวกับสุขศึกษา เพื่อให้มีการสื่อสารและการรณรงค์ ด้านสุขภาพที่มีประสิทธิภาพแก่หน่ยงานในสังกัดกระทรวงและหน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง
3. พัฒนารูปแบบและกระบวนการทางสุขศึกษาเพื่อสนับสนุนการสร้างเสริมพฤติกรรมสุขภาพ
4. พัฒนาเครือข่ายของกลุ่มบุคคลและองค์กรต่าง ๆ ที่ดำเนินการด้านการสร้างเสริมพฤติกรรมสุขภาพ ทั้งภาครัฐ ภาคเอกชน และประชาชนเพื่อให้เกิดการเรียนรู้และสนับสนุนการดำเนินงานซึ่งกันและกัน
5. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย

สำนักพัฒนาระบบบริการสุขภาพ
1. ส่งเสริม พัฒนา สนับสนุนการกำหนดมาตรฐานเครือข่าย และสถานบริการอื่น ในระบบสุขภาพ เพื่อให้มีการพัฒนาประสิทธิภาพอย่างเป็นระบบและต่อเนื่อง
2. ส่งเสริม พัฒนาและสนับสนุนด้านบริหารและคุณภาพบริการ แก่หน่วยบริการในระบบสุขภาพ
3. ส่งเสริมและประสานความร่วมมือด้านการจัดบริการสุขภาพกับหน่วยงานที่ให้การสนับสนุนการบริการ หรือหน่วยบริการสุขภาพของชุมชน ท้องถิ่น และเอกชน
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย